* 便利なプログラムで解析を効率的に! [#y6861291]
#anno1(2011-12-08 : 作成)
みんなのひろばを眺めてたら、便利なプログラムが散在していることに気がつきました。~
そんなわけで、便利なプログラムをまとめていこうと思います。みんテクの一部ですが、おそらく汎用性は高いので分子置換のページようなナンバリングはしません。
** 最近はまってるもの [#h655ccc8]
#anno2(2012-01-04 : 追加)
HTML5を少々検証してみようと作ってみたページです。
- ScaView(alpha) -- http://dev.biokids.org/scaview.html
- ScaView(alpha) -- http://biokids.org/scaview.html
-- SCALEPACKのログファイルおよびscaファイルの内容をまとめて表示します。
-- File APIなどを使っているのでFirefox 4以上およびGoogle Chrome 5以上が必要です。
-- サポートは「みんなのひろば」またはJPXTALで行います。
** とりあえず [#qd705522]
BioKidsページ内やそこらへんで見つけたものです。徐々に整理します。Webサービス等も混じってます。
- Anomalous Scattering Coefficients -- http://skuld.bmsc.washington.edu/scatter/AS_form.html
-- (Web) 異常分散因子を確認するときに使えます
- PDB File Editor -- http://www.bioinformatics.org/pdbeditor/wiki/
-- (Java) PDBファイルを編集できます
-- Ref: Lee J, Kim SH (2009), Acta Crystallogr D65:399-402. PDB Editor: a user-friendly Java-based Protein Data Bank file editor with a GUI.
- [[Calculate average I/sigma from .sca file>http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.php/Calculate_average_I/sigma_from_.sca_file]] -- CCP4 wiki
-- (Python) ioversigma.pyというスクリプト。scaファイルより<I/sigma>を求めるみたいです。
- [[[ccp4bb] finding <I/Sigma(I)> from HKL Scalepack>http://www.mail-archive.com/ccp4bb@jiscmail.ac.uk/msg18319.html]]
-- (Perl) HKL2000のSCALEPACKログから<I/sigma>を求めるスクリプト
** 情報提供 [#h7b27474]
さらりとでいいので情報提供をお待ちしております⌣。ここに書いていただければまとめていきます。
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