* PDBフォーマット [#j6bc141a]
2008年9月現在のPDBフォーマットはVer.3.2。以降のPDBデータはこのフォーマットが使用されています。それ以前のデータもPDBから取得した場合は3.2のフォーマットになるようです。~
なお、CCP4はPDBフォーマットVer.2.1のサブセットを扱うようにしているそうです([[CCP4 PDB format>http://www.ccp4.ac.uk/dist/html/pdbformat.html]])。フォーマットVer.2.1と2.3以降ではATOM/HETATMレコードの定義に差があります。2.1ではSEGID(Segment ID)が定義されていますが、2.3以降では削除されています。このSEGIDフィールドはXPLORで使用されており、その後継であるCNSでも使用されていますね。
#br
なお、詳細なフォーマットはPDBの総本山である[[wwPDB(The Worldwide Protein Data Bank)>http://www.wwpdb.org/]]から取得可能ですので興味のある方は参考にしてください。Ver.2.xと3.xの差はほとんどがREMARKレコードのようです。
- [[wwPDB Documentation>http://www.wwpdb.org/docs.html]]
** レコード詳細(PDB v3.2準拠) [#g7516a5b]
*** 追加結合セクション -- Connectivity Annotation Seciton [#n4c2a34a]
Connectivity AnnotationではSS-bond(ジスルフィド結合)やその他の結合、'''cis'''-ペプチド結合を扱うことができます。REFMACで使用されるLINKRについても言及します。
- [[SSBOND]]
- [[SSBOND]] -- ジスルフィド結合(S-S結合)を定義します。
** レコード詳細(PDB v2.3) [#xcd6c8fa]
- [[HEADER]]
- [[ATOM]]
