COOT/インストール
* COOTをVine4にインストールする &Vine4; [#g8ebdd42]
#anno1(2011-11-10 : 作成)
ほとんど需要はないと思いますが、COOT 0.6.1をVine 4.2にインストールする方法を記録しておきます。~
なお、0.6.2のインストールも試してみましたが、
/usr/local/coot-0.6.2/bin/coot: line 247: 23581 Floating point exception(core dumped) $coot_real $@
/usr/local/coot-0.6.2/bin/coot: line 254: 23582 Floating point exception(core dumped) $COOT_PREFIX/bin/guile -s
このようなFloating point exceptionが出るので(早々に)あきらめました。あといろいろ頑張ってビルドしようとしましたが、どうしてもクリアできないエラーに阻まれました。C++、実戦で使ったことないから対処方法がわからなかった・・・
このようなFloating point exceptionが出るので(早々に)あきらめました。~
仕方がないので、頑張って0.7-pre1をビルドしようとしましたが、どうしてもクリアできないエラーに阻まれました。C++、実戦で使ったことないから対処方法がわからなかった・・・
** インストールの準備 [#b9e62026]
*** 使用するパッケージ [#a4f3a661]
CentOS4用のPython同梱版が必要になります。COOTのサイトの0.6.1の下から''coot-0.6.1-binary-Linux-i386-centos-4-python-gtk2.tar.gz''をダウンロードします。&color(red){Pythonなしのcoot-0.6.1-binary-Linux-i386-centos-4-gtk2.tar.gzは起動時にSegmentation faultが出て起動しなかったので注意して下さい。};
- Coot-0.6.1ディレクトリ -- http://lmb.bioch.ox.ac.uk/coot/software/binaries/releases/coot-0.6.1/
*** aptでのインストール [#h40de69b]
- libidn
- libstdc++34
*** krb5-libsのインストール [#hb39da45]
COOTで使われているライブラリのどれかがkerberos5のライブラリにリンクしているようなので''keyutils-libs''および''krb5-libs''が必要になります。ただ、Vine 4には該当パッケージがないようなのでVine 5からソースRPMを取ってきてビルドしてインストールします。~
krb5-libsのビルドは少々手間(依存パッケージが多い)だったのでここで詳細は解説しませんが、ビルドしたものをアップしておきます。COOTを動作させるためだけにインストールしたのでちゃんとkrb5-libs自体がきちんと動作するかは不明です&huh;。
- COOTの実行に必要なパッケージ
-- &ref(keyutils-libs-1.2-3vl4.i386.rpm);
-- &ref(krb5-libs-1.6.3-9vl4.i386.rpm);
- krb5-libsビルド関連パッケージ(通常は不要)
-- &ref(krb5-1.6.3-9vl4.src.rpm);
-- &ref(keyutils-1.2-3vl4.src.rpm);
-- &ref(keyutils-1.2-3vl4.i386.rpm);
-- &ref(keyutils-libs-devel-1.2-3vl4.i386.rpm);
keyutils-libs、krb5-libsをインストールします。
# rpm -ivh keyutils-libs-1.2-3vl4.i386.rpm
# rpm -ivh krb5-libs-1.6.3-9vl4.i386.rpm
** COOTのインストール [#p25beff2]
Vine 5の時と同様に行います。
# cd /usr/local
# tar zxvf coot-0.6.1-binary-Linux-i386-centos-4-python-gtk2.tar.gz
# ln -s coot-Linux-i386-centos-4-gtk2-python coot-0.6.1
# cd coot-0.6.1/lib
# ln -s /usr/lib/libldap-2.3.so.0 libldap-2.2.so.7
# ln -s /lib/libssl.so.4
# ln -s /lib/libcrypto.so.4
*** パスの設定 [#aef52a7f]
setenv PATH /usr/local/coot-0.6.1:$PATH
こんなところです。