構造解析プログラムのインストール
以下のものはインストールして起動を確認したプログラムたちです。
対応ディストリビューション
- Vine 4 -- Vine 4.x(主にVine 4.2)
- Vine 3 -- Vine 3.x(主にVine 3.2)
- CentOS 5 -- CentOS 5.x(主にCentOS 5.2)
基本の確認はVine 4.2で行っていますので、時間があるときにCentOSの確認を追加していく予定です。
標準的なプログラム
- Intel Compiler -- CNSやAMBERなどをコンパイルするときに使用します
データ処理
- XDS -- 玄人ごのみのデータ処理プログラム
解析用プログラム
- CNS 1.2 -- Intel Compilerを使ってコンパイル
- CCP4 6.1.0 -- バイナリインストール(以下のものも入ります)/Intel Compilerを使ってコンパイル
- CCP4その他
- Advanced CCP4 6.0.2 -- 極上のCCP4を目指そう(準備中)
- COOT 0.5 -- CCP4インストール後にインストール
- ARP/wARP 7.0.1 -- バイナリインストール
- MrBUMP -- CCP4iにインストール
- XIA2 -- CCP4の追加パッケージ
- BALBES>BALBES? -- 新バージョンをインストール(1.0.0)
- SnB 2.2 -- Java環境と共にセットアップ
- SOLVE/RESOLVE 2.08 -- バイナリインストール
- EMBOSS 4.0.0 -- Intel Compilerを使ってインストール
- HKL2000 0.98.695b -- バイナリインストール
- PHENIX 1.24.1b -- Phaser/RESOLVEなどの統合環境
- RAVE -- バイナリインストール
- ClustalW -- Intel Compilerを使ってインストール
- FASTA -- Intel Compilerを使ってインストール
- LAFIRE -- バイナリインストールと設定
- SHARP -- バイナリインストール
ヴィジュアル系プログラム
- MOLSCRIPT 2.1.2 GL版 -- MOLSCRIPTをGL機能付きでコンパイル
- Raster3D 2.7d -- SRPMを使ってさくっとインストール
- XtalView 4.0 -- バイナリインストール
- O 10.0.3 -- バイナリインストール
- PyMOL 1.1 -- Open Source版。Ver.1.0以降は自分でコンパイルが必要になりました
- MIFit 8 -- バイナリインストール
- LIGPLOT -- ソースファイル取得方法とインストール
分子動力学シミュレーション
- AMBER 8 -- MPI版もインストール(Intel Compiler 11)
- CHARMM -- c32b2をインストール(Intel Compiler 11)
解析関係のライブラリなど
準備中
- SHELX
- HKL2MAP
趣味のツール類
aptでインストールしたもの
- ftp -- 最近はftpが標準で入ってないですね
- telnet -- 同上
- bind-utils -- たまにnslookupが欲しくなるから
- firefox -- やっぱこれでしょう
- task-xfce -- 軽いWindow Manager。最近使いはじめました
- WindowMaker -- 好きだから(今やout of dateの感がありますが。2006/06現在でwindowmaker.orgに接続できない・・・と思ったらwindowmaker.infoってのができてた(2006/12))
- wget -- リモート環境でファイル取得する際に必要だから
- imlib2 -- Etermをインストールするのに必要
取ってきたrpmをインストールしたもの
- libast http://www.eterm.org/ -- Etermをインストールするのに必要
- Eterm http://www.eterm.org/ -- WindowMakerにはEtermでしょ！
Linuxに構造解析プログラムインストール記録
- povscriptのインストール
- XDSのインストール
その他困っていること
インストールや環境設定関連で困っていることがあればどうぞ。可能ならまとめていきたいと思います。Vine Linux以外でもOKです ![[smile]](image/face/smile.png)
